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Die gentechnische Verbesserung von Pflanzen beruht darauf, fremde Gene in eine Pflanze einzuführen und dadurch ihre Eigenschaften zu verändern. Die Verbesserung einer Pflanze kann aber von einer geringen Änderung der Aktivität von zahlreichen Genen abhängen und nicht von der bloßen Existenz eines einzelnen Gens. Es ist zwar nicht viel schwieriger mehrere Gene in eine Zelle zu bringen als ein einziges Gen, aber bisher war es nicht möglich die Aktivität mehrerer Gene, d.h. alle Steuerungssequenzen präzise zu verändern. Auch sind häufig gar keine Gene bekannt, welche die gewünschte Eigenschaft vermitteln.
Bei Anwendungen wie Resistenzen gegen Schädlinge ist die Einführung eines einzigen Gens unter Umständen nicht genug. Zufällige Mutationen verändern das Erbgut einzelner Schädlinge. Die Schädlinge, die eine Veränderung tragen, welche die Resistenz einer Pflanze neutralisiert, können sich nun schneller vermehren und werden – das ist das Prinzip der Evolution – in kürzester Zeit die unschädlichen Vertreter ihrer Art ersetzen. Beruht die künstliche Resistenz auf nur einem eingebrachten Gen, so reicht unter Umständen eine einzige Mutation für die Entwicklung eines resistenten Schädlings. Die Gefahr besteht, dass sich die Schädlinge immer schneller entwickeln, als die Gentechnik neue Gene einbringen kann.
Die konventionelle Züchtung vermeidet dies, weil meistens ganze Kombinationen von Genen in eine Sorte eingekreuzt werden und nicht nur einzelne Gene. Da außerdem die beteiligten Gene nicht bekannt sein müssen, können auch solche komplizierten Eigenschaften verbessert werden, deren wissenschaftlich Erklärung noch nicht bekannt ist. Der Nachteil der konventionellen Züchtung ist ihre Langsamkeit; je mehr Gene für eine Eigenschaft verantwortlich sind, desto länger lässt ein Züchtungserfolg auf sich warten.
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